生物除臭系統的核心原理在于利用微生物的代謝活動來降解惡臭物質。首先，通過專門設計的氣體收集系統，將酒廠污水散發的異味氣體進行收集。這些氣體被輸送至生物除臭設備中，設備內部設置有生物填料，填料上附著有大量經過篩選和培育的微生物菌群。這些微生物具有多樣化的酶系，能夠針對不同的惡臭成分進行特異性的轉化。例如，對于硫化氫，特定的硫氧化能夠將其逐步氧化為無害的硫酸鹽；氨則可被硝化細菌通過硝化作用轉化為硝酸鹽。而像甲硫醚等含硫有機化合物，也會在一系列微生物的協同作用下，逐步解為簡單的無機物。在這個過程中，微生物以惡臭物質為營養源進行生長繁殖，從而實現了對異味的去除。整個生物除臭過程類似于自然界中的物質循環與凈化過程，只不過是在人工設計的生物反應器中加速進行。
